Os inibidores químicos da ZNF546 podem atingir a inibição funcional através de vários pontos de intervenção nas vias de sinalização que modulam a atividade desta proteína. O PD 98059 e o U0126 são dois desses inibidores que visam especificamente a MAP quinase quinase (MEK), uma enzima responsável pela ativação da quinase regulada por sinal extracelular (ERK). Ao impedir a MEK de fosforilar a ERK, estes inibidores impedem indiretamente a ativação do ZNF546, assumindo que a função do ZNF546 é regulada através da via MAPK/ERK. Do mesmo modo, o GW5074 actua um passo mais a montante como inibidor da Raf-1 quinase, que também faz parte da via MAPK/ERK. Ao inibir a Raf-1 quinase, o GW5074 interrompe a ativação da MEK e, consequentemente, da ERK, levando à inibição do ZNF546 se a sua atividade depender desta cascata de sinalização.
Num eixo diferente, o SP600125 e o SB203580 têm como alvo a c-Jun N-terminal kinase (JNK) e a p38 MAP kinase, respetivamente. A inibição destas cinases por SP600125 e SB203580 pode bloquear a fosforilação de substratos que podem regular o ZNF546, inibindo assim a sua função. Além disso, os inibidores da PI3K, como o LY294002 e a Wortmannin, suprimem a via PI3K/AKT, o que leva à redução da atividade da AKT, uma quinase que pode ser necessária para a ativação do ZNF546. A triciribina inibe especificamente a AKT, impedindo ainda mais a ativação do ZNF546 se a sua função for dependente da AKT. A PP2, que inibe as tirosina-quinases da família Src, também pode resultar na inibição funcional do ZNF546, bloqueando os eventos de fosforilação que podem ser cruciais para a sua ativação. Por último, o PD168393 e o Dasatinib actuam através da inibição da tirosina quinase EGFR e de várias tirosina quinases, respetivamente.
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