Os inibidores químicos do ZNF225 podem inibir a proteína através de vários mecanismos que afectam o seu papel na regulação da transcrição dos genes. A queleritrina pode intercalar-se no ADN, obstruindo assim a capacidade de ligação do ZNF225 ao ADN e, consequentemente, a sua função reguladora da transcrição. Do mesmo modo, a triptolida actua reduzindo a atividade dos factores de transcrição cruciais para as actividades de ligação ao ADN e de transcrição do ZNF225. A withaferina A interrompe as interacções proteína-proteína necessárias, das quais o ZNF225 depende para regular a transcrição. A curcumina modula a atividade dos factores de transcrição e altera as interacções dos factores nucleares com o ZNF225, o que leva a uma diminuição da capacidade do ZNF225 para regular a expressão genética. A genisteína inibe as tirosina quinases responsáveis pela fosforilação das proteínas que interagem com o ZNF225, o que é essencial para o seu papel funcional na expressão genética.
Além disso, o bortezomib inibe o ZNF225 ao estabilizar o IκB, o que consequentemente inibe o NF-κB, um fator que pode interagir com o ZNF225 na regulação da expressão genética. O Bay 11-7082 também tem como alvo a ativação do NF-κB, que está potencialmente envolvido na regulação genética mediada pelo ZNF225. O MG132 visa a atividade do proteassoma, afectando assim indiretamente a renovação das proteínas reguladoras que controlam a função do ZNF225. O PD169316 e o SB202190 inibem a via p38 MAPK, que desempenha um papel na fosforilação de factores de transcrição com os quais o ZNF225 pode interagir, reduzindo assim a ativação transcricional mediada pelo ZNF225. O LY294002 inibe a PI3K, afectando a ativação da AKT e, potencialmente, as proteínas a jusante envolvidas na função do ZNF225. Por último, o SN-38 inibe a Topoisomerase I, influenciando a replicação do ADN e os processos de transcrição que são relevantes para a atividade do ZNF225.
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