Os activadores de Zap3 funcionam através de uma variedade de mecanismos bioquímicos que conduzem ao aumento da sua atividade. Alguns activadores funcionam estimulando diretamente a adenilil ciclase, aumentando assim os níveis intracelulares de AMPc, um mensageiro secundário que ativa a proteína quinase A (PKA). A PKA, por sua vez, pode fosforilar o Zap3, aumentando assim a sua atividade. Outros activadores funcionam através de cascatas de sinalização dos receptores acoplados à proteína G, iniciadas por agonistas que conduzem a níveis elevados de AMPc e à subsequente ativação da PKA, que também visa a ativação do Zap3 através da fosforilação. Além disso, alguns activadores contornam as vias tradicionais mediadas pelos receptores e elevam diretamente os níveis de cálcio intracelular, o que ativa as proteínas cinases dependentes do cálcio, capazes de fosforilar e ativar o Zap3.
Além disso, a inibição das fosfodiesterases representa outro mecanismo pelo qual os activadores podem aumentar a atividade do Zap3. Ao impedir a degradação do AMPc, estes inibidores conduzem a uma sinalização sustentada da PKA e a uma potencial fosforilação do Zap3. Existem também compostos que inibem as serina/treonina fosfatases, levando a uma acumulação de proteínas fosforiladas, incluindo a Zap3, mantendo-a assim num estado ativo. Outros activadores modulam o estado de fosforilação das proteínas na via de sinalização da Zap3, aumentando indiretamente a sua atividade. As vias da proteína cinase activada pelo stress, quando activadas, podem também levar à fosforilação e consequente ativação da Zap3.
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