No contexto da sinalização Wnt, a ativação da Wnt-16 pode ser conseguida indiretamente através da manipulação de outros componentes da via. Compostos químicos como o cloreto de lítio, BIO e SB-216763 funcionam como inibidores da GSK-3β, um componente crucial do complexo de destruição da β-catenina. Ao inibir a GSK-3β, estes compostos impedem a degradação da β-catenina, um ator-chave na via Wnt. A acumulação de β-catenina no citoplasma leva à sua translocação para o núcleo, onde interage com os factores de transcrição TCF/LEF para iniciar a transcrição dos genes alvo da Wnt. Por conseguinte, estes inibidores podem aumentar indiretamente a atividade da Wnt-16, promovendo a estabilidade da β-catenina, um efector a jusante da Wnt-16 na via de sinalização Wnt/β-catenina. Compostos como o SKL2001 e a indometacina também podem aumentar a atividade da Wnt-16, promovendo direta ou indiretamente a acumulação de β-catenina. O SKL2001 liga-se diretamente à β-catenina, perturbando a sua interação com a Axin, impedindo assim a sua degradação e promovendo a sinalização Wnt. Por outro lado, verificou-se que a indometacina, um fármaco anti-inflamatório não esteroide, ativa a via Wnt/β-catenina, aumentando assim a atividade da Wnt-16.
Outros compostos, como o XAV939 e o IWR-1-endo, exercem os seus efeitos através da estabilização da Axin, um componente do complexo de destruição da β-catenina, levando a um aumento da degradação da β-catenina. Embora estas acções inibam inicialmente a resposta da Wnt, podem desencadear um aumento compensatório da expressão e da atividade da Wnt-16, reforçando assim indiretamente a sua função. Do mesmo modo, o LGK-974 inibe a Porcupine, uma enzima envolvida na secreção da proteína Wnt, que também pode induzir um aumento compensatório da atividade da Wnt-16. Verificou-se que o ácido valpróico, um inibidor da histona desacetilase, aumenta a transcrição dos genes-alvo da Wnt, conduzindo a um aumento da atividade da Wnt-16. A quercetina, um flavonoide, também pode aumentar a atividade da Wnt-16 através da sua capacidade de inibir a GSK-3β, levando à ativação da via de sinalização Wnt/β-catenina. Por último, verificou-se que a niclosamida, um fármaco anti-helmíntico, inibe a via de sinalização Wnt/β-catenina ao nível do complexo de destruição, conduzindo a uma maior atividade da Wnt-16 ao impedir a degradação da β-catenina.
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