Os activadores da WDR61 são compostos químicos que aumentam indiretamente a atividade funcional da WDR61, influenciando várias vias e processos celulares em que a WDR61 está envolvida. O WDR61, como parte do complexo Paf1 associado à RNA polimerase II, desempenha um papel significativo no alongamento da transcrição. Compostos como o BAY 11-7082 e o TPCA-1 inibem o NF-κB, levando à estabilização dos componentes da maquinaria de transcrição e aumentando assim a atividade do WDR61 ao reduzir a competição por estes recursos. A cicloheximida e a triptolida, ambos inibidores da transcrição através de mecanismos diferentes, podem levar a uma acumulação da RNA polimerase II nos locais de início da transcrição ou à paralisação da RNA polimerase II, respetivamente. Esta acumulação requer o complexo Paf1, incluindo WDR61, para orquestrar a transição para o alongamento produtivo, aumentando assim indiretamente a sua atividade. Da mesma forma, a Tricostatina A, ao alterar a estrutura da cromatina, e o JQ1, ao interferir com a remodelação da cromatina, criam uma procura do papel de WDR61 no complexo Paf1 para facilitar o alongamento da transcrição num ambiente de cromatina mais aberto.
Além disso, a atividade do WDR61 é indiretamente reforçada por compostos como o flavopiridol, o DRB e o dinaciclib, que são inibidores da CDK. Estes inibidores conduzem a um processo de alongamento da transcrição pausado ou regulado que requer o envolvimento do complexo Paf1 e, por conseguinte, do WDR61, para retomar e regular a atividade da RNA polimerase II. O MLN4924 actua inibindo uma via diferente, a neddilação de cullin-RING E3 ubiquitina ligases, que pode estabilizar factores que participam na transcrição, reforçando indiretamente o papel do WDR61 neste processo. O ribociclib e o PF-477736 afectam o ciclo celular e a resposta a danos no ADN, respetivamente, o que pode alterar a dinâmica da maquinaria transcricional, aumentando assim a dependência da função do WDR61 no complexo Paf1.
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