Os inibidores químicos da UGT1A6B podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários modos de ação, impedindo essencialmente a atividade de glucuronidação caraterística desta proteína. Os flavonóides como a crisina e a naringenina, por exemplo, inibem a UGT1A6B ligando-se diretamente ao local de ligação do substrato, o que impede o acesso dos substratos ao local ativo necessário para o processo de glucuronidação. Esta ocupação do local de ligação pela crisina ou naringenina impede a ocorrência da atividade catalítica necessária. Do mesmo modo, a Biochanina A e a Baicaleína inibem a atividade enzimática ao interagirem com o domínio catalítico da UGT1A6B, impedindo assim a sua atividade. A baicaleína, ao ligar-se ao sítio ativo, obstrui a interação necessária entre a UGT1A6B e os seus substratos, conduzindo a uma diminuição da atividade enzimática.
Além disso, compostos como a quercetina e a miricetina demonstram a sua ação inibidora por mecanismos não competitivos. A quercetina liga-se a um local na UGT1A6B que é distinto do local de ligação do substrato, o que resulta numa alteração da conformação da enzima. Esta alteração conformacional reduz a atividade enzimática global da UGT1A6B. A miricetina, por outro lado, forma um complexo com a UGT1A6B que diminui a afinidade da enzima pelos seus substratos, conduzindo a um processo de glucuronidação reduzido. A curcumina inibe a UGT1A6B por um modo semelhante, ligando-se à enzima e bloqueando o sítio ativo, que é crucial para o funcionamento da enzima. A wogonina e a emodina também inibem a UGT1A6B ligando-se diretamente à enzima. No caso da Wogonina, a ligação altera provavelmente a estrutura terciária da UGT1A6B, o que prejudica a sua atividade catalítica, enquanto a Emodina interfere explicitamente no processo de glucuronidação. O ácido elágico e a genisteína completam a lista de inibidores através de interacções directas com a UGT1A6B que conduzem a uma redução da atividade da enzima. O ácido elágico consegue este objetivo ligando-se e impedindo o funcionamento adequado da enzima, enquanto a genisteína se liga à UGT1A6B, impedindo assim a ligação dos substratos necessários para que a glucuronidação ocorra. Cada um destes químicos emprega um mecanismo inibitório distinto, mas todos levam a uma diminuição da função da UGT1A6B.
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