Os inibidores químicos do TRIM64C funcionam para impedir o papel da proteína em várias vias de degradação proteica, visando os mecanismos através dos quais opera. O MG132, a Lactacistina, o Bortezomib e a Epoxomicina são todos inibidores que afectam diretamente o proteassoma, um complexo responsável pela degradação de proteínas que foram marcadas para destruição, frequentemente por ubiquitinação, um processo em que o TRIM64C está envolvido. O MG132 é um peptídeo aldeído que inibe reversivelmente o proteassoma, enquanto a Lactacistina se liga irreversivelmente à subunidade catalítica do proteassoma, proporcionando uma inibição mais permanente. O bortezomib, um ácido borónico dipeptídico, visa especificamente o proteassoma 26S e a epoxomicina inibe seletivamente a atividade do proteassoma semelhante à quimotripsina. Cada um destes inibidores leva à acumulação de proteínas que o TRIM64C marcou para degradação, impedindo efetivamente a função do TRIM64C na via de degradação proteasómica.
Para além dos inibidores proteasomais, outros produtos químicos visam diferentes aspectos das vias de degradação proteica que envolvem a TRIM64C. Tanto a cloroquina como a bafilomicina A1 perturbam a degradação lisossómica, com a cloroquina a aumentar o pH no interior dos lisossomas e a bafilomicina A1 a inibir a H+-ATPase do tipo vacuolar (V-ATPase) responsável pela acidificação lisossómica. Do mesmo modo, a Concanamicina A também inibe a V-ATPase. A E64 e a Leupeptina actuam como inibidores de cisteína e serina proteases, respetivamente, sendo a E64 um inibidor irreversível, que pode bloquear a clivagem de proteínas após a subiquitinação pelo TRIM64C. A 3-metiladenina inibe a autofagia ao impedir a formação de autofagossomas, um processo que pode ser utilizado para a degradação de proteínas marcadas com TRIM64C. ALLN, ou inibidor de calpaína I, impede a função das proteases de calpaína, que podem estar envolvidas no processo de degradação dos substratos de TRIM64C. Por último, o Z-VAD-FMK é um inibidor da caspase de largo espetro que pode impedir a função das caspases, enzimas que podem participar na degradação das proteínas durante a apoptose.
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