Os inibidores do TMEM88B englobam uma gama de compostos químicos que actuam em várias vias de sinalização para suprimir a atividade funcional do TMEM88B. A esturosporina e o GF 109203X, ambos inibidores da proteína cinase, afectam o amplo espetro de cinases e a proteína cinase C (PKC), respetivamente, interrompendo a sinalização a jusante que poderia regular o TMEM88B, resultando numa redução da atividade do TMEM88B. A Wortmannin e o LY 294002, como inibidores da PI3K, e a Rapamicina, um inibidor da mTOR, obstruem a via PI3K/AKT que influencia numerosos mecanismos celulares potencialmente relacionados com o papel do TMEM88B. O impacto destes inibidores provoca um efeito em cascata que diminui a função do TMEM88B em processos como o crescimento e o metabolismo. Da mesma forma, o U0126 e o PD 98059 têm como alvo a via MAPK/ERK, enquanto o SB 203580 inibe seletivamente a p38 MAP quinase e o SP600125 tem como alvo a c-Jun N-terminal quinase (JNK), atenuando as vias que modulam as respostas ao stress e a sinalização de citocinas, que podem estar relacionadas com o papel funcional do TMEM88B, levando à diminuição da sua atividade.
Além disso, a PP 2 actua como um inibidor das cinases da família Src, reduzindo assim potencialmente a atividade do TMEM88B ao interferir com as vias de sinalização relacionadas com a Src. A via do NF-κB, conhecida pelo seu papel nas respostas imunitárias e inflamatórias, é visada pelo BAY 11-7082, que inibe a ativação do NF-κB, podendo assim diminuir indiretamente a atividade do TMEM88B através destas vias. Por último, o Gö 6983, outro inibidor da PKC de largo espetro, interrompe as vias de sinalização reguladas pela PKC, o que poderia ter um impacto na função do TMEM88B. Coletivamente, estes inibidores químicos, através dos seus efeitos específicos e diversificados na sinalização celular, contribuem para a inibição indireta do TMEM88B, interferindo com vias e processos que são essenciais para a sua função adequada, sem interagir diretamente com a própria proteína.
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