Os activadores químicos do TMEM49 incluem uma variedade de compostos que iniciam uma cascata de eventos intracelulares que conduzem à sua ativação. O 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA) é um desses activadores que visa diretamente a proteína quinase C (PKC), uma família de enzimas cuja atividade é conhecida por regular uma multiplicidade de funções celulares. Após a ativação por PMA, a PKC pode fosforilar o TMEM49, o que constitui um passo crítico para a sua ativação. Do mesmo modo, a forskolina, ao elevar os níveis de AMPc, ativa a proteína quinase A (PKA), outra enzima que pode fosforilar o TMEM49, promovendo assim a sua ativação. Esta elevação do AMPc pela forskolina demonstra um mecanismo clássico de sinalização intracelular que pode levar à ativação do TMEM49.
O papel do cálcio na sinalização celular está bem estabelecido e substâncias químicas como a ionomicina e o A23187 actuam para aumentar os níveis de cálcio intracelular, o que pode ativar cinases dependentes do cálcio. Estas cinases têm então o potencial de fosforilar o TMEM49, levando à sua ativação. A tapsigargina, através da sua capacidade de perturbar a homeostase do cálcio, facilita indiretamente a ativação do TMEM49 através de processos de fosforilação semelhantes mediados por cinases. A calicilina A e o ácido ocadaico contribuem para a ativação do TMEM49 através da inibição das proteínas fosfatases. Esta inibição resulta na redução da desfosforilação das proteínas, mantendo assim o TMEM49 num estado fosforilado e ativo. A brefeldina A perturba a função do aparelho de Golgi, que se sabe ter efeitos a jusante nas vias de sinalização celular, incluindo as que conduzem à ativação do TMEM49. A bisindolilmaleimida I, embora seja tipicamente um inibidor da PKC, também pode induzir mecanismos celulares compensatórios que resultam na fosforilação e ativação do TMEM49. O fingolimod (FTY720), depois de fosforilado, pode interagir com os receptores S1P, desencadeando cascatas de sinalização que contribuem para a ativação do TMEM49. O stress oxidativo desempenha um papel significativo na sinalização celular, e o peróxido de hidrogénio actua como uma molécula de sinalização que ativa o TMEM49 através dessas vias relacionadas com o stress. Por último, a anisomicina ativa as proteínas quinases activadas pelo stress, que são outro grupo de enzimas que podem fosforilar o TMEM49, resultando na sua ativação em resposta a sinais de stress celular. Estes diversos produtos químicos, através da sua influência nas vias de sinalização intracelular e na atividade das cinases, contribuem todos para a ativação do TMEM49.
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