Os inibidores químicos do TMEM249 podem modular a atividade desta proteína através de várias vias de sinalização molecular, bloqueando seletivamente a atividade de enzimas que são cruciais para o funcionamento do TMEM249. A bisindolilmaleimida I, conhecida pela sua capacidade de inibir a proteína quinase C (PKC), pode reduzir a fosforilação do TMEM249, assumindo-o como um substrato da PKC. Do mesmo modo, a Wortmannin e o LY294002, ambos inibidores da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), podem inibir o TMEM249 perturbando a via PI3K/AKT, que pode ser parte integrante da regulação do TMEM249. Além disso, o SB203580 e o PD98059 têm como alvo diferentes cinases na via da MAP quinase; o SB203580 inibe a p38 MAP quinase, enquanto o PD98059 inibe a MEK1/2, que está a montante da ERK. Se o TMEM249 for regulado através da via p38 MAPK ou MEK/ERK, estes inibidores impediriam a influência da via no TMEM249.
Além disso, o SP600125, que inibe especificamente a c-Jun N-terminal kinase (JNK), pode inibir o TMEM249 se a sinalização JNK for vital para a sua atividade. O U0126, outro inibidor da MEK, pode suprimir o TMEM249 bloqueando a via MEK/ERK. O PP2, que tem como alvo as tirosina quinases da família Src, pode inibir o TMEM249 se as quinases da família Src forem necessárias para a fosforilação e subsequente atividade do TMEM249. O inibidor da proteína quinase associada à Rho (ROCK), Y-27632, também pode inibir o TMEM249 se a atividade da ROCK for necessária para os processos mediados pelo TMEM249. O gefitinib, um inibidor do recetor do fator de crescimento epidérmico (EGFR), pode inibir o TMEM249 ao impedir a sinalização do EGFR. Por último, a rapamicina, um inibidor do mTOR, pode suprimir a atividade do TMEM249 se este estiver envolvido em vias reguladas pelo mTOR, enquanto o palbociclib, um inibidor das cinases dependentes da ciclina CDK4 e CDK6, pode inibir o TMEM249 se este for regulado por estas cinases durante o ciclo celular.
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