Os inibidores químicos do TMEM216 podem atuar através de vários mecanismos para perturbar a sua função, principalmente em torno do papel do TMEM216 na ciliogénese e na manutenção dos cílios primários. A ciclopamina e o Jervine são alcalóides esteroidais que inibem a via de sinalização Hedgehog, essencial para a formação e a função dos cílios primários, inibindo assim indiretamente o TMEM216. Do mesmo modo, o SANT-1 também tem como alvo a via de sinalização Hedgehog, inibindo diretamente o Smoothened, um componente crítico desta via, o que conduz a um efeito a jusante sobre o funcionamento adequado do TMEM216. A purmorfamina, embora seja tipicamente um ativador da via Hedgehog, pode levar indiretamente à inibição do TMEM216 quando os elementos a jusante da via são bloqueados, resultando numa acumulação de intermediários que interferem com a formação dos cílios primários envolvendo o TMEM216.
Outros produtos químicos interferem com processos celulares que são cruciais para a localização e função correctas do TMEM216 nos cílios. Por exemplo, a forskolina aumenta os níveis de AMPc, o que pode levar a alterações na montagem ou função dos cílios, afectando assim indiretamente o TMEM216. A ciliobrevina D tem como alvo específico a dineína, uma proteína motora necessária para a função ciliar, e a sua inibição pode comprometer o papel do TMEM216 no transporte ciliar. De forma semelhante, a brefeldina A perturba o tráfico vesicular e a função do aparelho de Golgi, essencial para o tráfico do TMEM216 para os cílios. A integridade dos microtúbulos, crucial para a ciliogénese, é visada pelo Mebendazol e pelo Nocodazol, que desestabilizam ou despolimerizam os microtúbulos, respetivamente, inibindo assim indiretamente a função do TMEM216. A azadiractina também afecta a dinâmica dos microtúbulos, inibindo assim indiretamente o TMEM216 ao afetar a infraestrutura celular necessária para o seu papel nos cílios. Por último, os inibidores do ciclo celular, como a Roscovitina e a Alsterpaulona, perturbam o momento e a formação dos cílios primários, que são processos em que o TMEM216 está envolvido, levando a uma inibição indireta da sua função ciliar.
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