A wiskostatina e a bafilomicina A1 visam os processos metabólicos e a acidificação vesicular, respetivamente, o que pode afetar a dinâmica energética e a função endossómica relevantes para a atividade do TMEM104. Os inibidores da quinase, como a Genisteína e o PD168393, obstruem os eventos de fosforilação, que são frequentemente críticos para a ativação das proteínas, e podem, por conseguinte, modular o estado de atividade do TMEM104.
Outros inibidores, como o SB431542 e o LY294002, têm como alvo as cinases dos receptores e a PI3K, salientando o papel da sinalização dos factores de crescimento e da sinalização lipídica na regulação do TMEM104. A via mTOR, um eixo central para o crescimento celular e o metabolismo, pode ser inibida pela rapamicina, o que implica que a síntese proteica e outros processos relacionados são potencialmente importantes para o papel do TMEM104. Além disso, o Y-27632 e o Gö6983, que inibem a quinase ROCK e a proteína quinase C, respetivamente, indicam a relevância da dinâmica do citoesqueleto e da fosforilação das proteínas na regulação funcional do TMEM104. A inibição da fosfolipase C pelo U73122 e o direcionamento da PP2 para as cinases da família Src sugerem o envolvimento de mensageiros derivados de lípidos e de vias proto-oncogénicas na regulação do TMEM104. Por último, o ZM 336372, ao inibir a quinase RAF, alude à cascata de sinalização MAPK como um influenciador regulador do TMEM104.
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