Os inibidores químicos do Fator Associado à Proteína de Ligação à Caixa TATA (TBP), 18kDa (TAFII-18) podem perturbar a função da proteína através de vários mecanismos. A tricostatina A, um inibidor da HDAC, pode levar a um estado de hiperacetilação das histonas, o que, por sua vez, pode impedir que o TAFII-18 se integre corretamente no complexo do fator de transcrição devido à alteração da estrutura da cromatina. Do mesmo modo, I-CBP112 e SGC-CBP30 podem inibir a família BET de proteínas de bromodomínio, alterando potencialmente a estrutura da cromatina e o recrutamento de TAFII-18 para os locais de início da transcrição, ao interromper a interação com lisinas acetiladas nas caudas das histonas. O JQ1, outro inibidor do bromodomínio BET, pode ligar-se competitivamente à bolsa de reconhecimento da acetil-lisina dos bromodomínios BET, perturbando o recrutamento e a função do TAFII-18 no complexo de transcrição.
Além disso, a triptolida pode inibir a atividade de XPB, uma subunidade do fator de transcrição TFIIH, que é essencial para o início da transcrição, reduzindo subsequentemente a incorporação funcional de TAFII-18 no complexo de pré-iniciação. A pladienolida B pode ligar-se ao complexo SF3b do spliceossoma, reduzindo indiretamente a presença funcional do TAFII-18 ao afetar o processamento pós-transcricional dos ARNm que codificam os componentes do complexo TAF. O selinexor, um inibidor de XPO1, pode alterar a exportação nuclear de proteínas e espécies de ARN, afectando a localização subcelular e a disponibilidade de TAFII-18. Os inibidores da cinase dependente da ciclina, como o flavopiridol, o THZ1 e o dinaciclib, podem impedir os eventos de fosforilação necessários para o funcionamento correto e o recrutamento de TAFII-18 para o complexo de iniciação da transcrição. O inibidor de CK2 CX-4945 pode perturbar as interacções proteína-proteína no âmbito da maquinaria de transcrição, afectando a função de TAFII-18 no complexo de transcrição. Por último, o Silvestrol, um inibidor do eIF4A, pode perturbar o início da tradução, reduzindo indiretamente a síntese de coactivadores transcricionais específicos necessários para a função do TAFII-18. Cada um destes inibidores pode levar à inibição funcional do TAFII-18, visando diferentes aspectos do seu papel no processo de iniciação da transcrição.
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