Os inibidores químicos do Supt4h1 utilizam diversos mecanismos para impedir a sua função no alongamento da transcrição. A tricostatina A e o SAHA (Vorinostat) são inibidores da histona desacetilase que alteram o estado de acetilação das histonas, o que pode modificar a estrutura da cromatina e, consequentemente, afetar os perfis de expressão genética. Estas alterações na paisagem da cromatina podem afetar indiretamente a funcionalidade do Supt4h1, alterando a dinâmica transcricional em que está envolvido. O JQ1 e o I-BET151, que têm como alvo a família BET de proteínas bromodomínio, alcançam um resultado semelhante ao influenciarem a acessibilidade e a remodelação da cromatina, afectando assim a maquinaria transcricional em que o Supt4h1 opera. O flavopiridol, um inibidor da quinase dependente da ciclina, impede o alongamento da transcrição de forma diferente, inibindo o estado de fosforilação do domínio C-terminal da RNA Polimerase II, que é crucial para o processo de transcrição que o Supt4h1 facilita.
Para perturbar ainda mais os processos transcricionais, a ciclopamina actua inibindo a via de sinalização Hedgehog, que está envolvida na regulação da expressão genética e que pode intercetar o papel do Supt4h1 no alongamento da transcrição. A rapamicina, conhecida como inibidor do mTOR, pode levar a alterações na transcrição e na síntese proteica, o que afecta indiretamente o Supt4h1 ao alterar a disponibilidade ou a atividade da maquinaria de transcrição. Os inibidores do proteassoma, como o bortezomib e o MG-132, contribuem para a acumulação de proteínas mal dobradas, que podem exercer stress celular e potencialmente perturbar a função dos factores de transcrição e dos co-factores que interagem com o Supt4h1. O pladienolide B, um inibidor de splicing, tem como alvo o spliceossoma, afectando indiretamente o processo de alongamento da transcrição no qual o Supt4h1 está envolvido. Cada um destes inibidores químicos, através dos seus modos de ação únicos, pode contribuir para a inibição funcional do Supt4h1 na via de alongamento da transcrição.
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