Os inibidores de Ssn6 estão centrados principalmente em influenciar a atividade do complexo co-repressor Tup1-Ssn6 na levedura. Como um componente crítico deste complexo, Ssn6 desempenha um papel na regulação de vários genes. A inibição direta de Ssn6 não está bem documentada, levando-nos a concentrar-nos em compostos que modulam vias ou processos relacionados. Nomeadamente, os inibidores da histona desacetilase, como a tricostatina A e o butirato de sódio, podem modificar a estrutura da cromatina, afectando a ligação e a atividade do complexo Tup1-Ssn6.
Além disso, o inibidor da DNA metiltransferase, 5-Azacitidina, pode influenciar a expressão genética, proporcionando uma via indireta para modular as funções de Ssn6. O metabolismo e a sinalização das leveduras são complexos e estão interligados. Compostos como o Miconazol e o Fluconazol, que afectam a síntese de ergosterol, podem afetar indiretamente os processos regulados por Tup1-Ssn6. Os inibidores do proteassoma e da autofagia, como o MG-132 e a 3-Metiladenina, respetivamente, podem alterar a homeostasia celular e as interacções proteicas, influenciando assim o complexo Tup1-Ssn6.
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