Os inibidores da SerRSmt actuam predominantemente através da perturbação da funcionalidade mitocondrial ou da homeostase energética, exercendo assim uma influência no papel da SerRSmt na aminoacilação. Agentes como o AICAR, um AMPK, têm como objetivo a regulação da energia celular. O AICAR modifica a relação AMP/ATP, afectando a SerRSmt, que utiliza o ATP na aminoacilação do ARNt. Os inibidores da mTOR, como o Torin 1 e a Rapamicina, actuam atenuando a taxa global de síntese proteica. Esta redução da taxa de tradução pode diminuir a necessidade celular de tRNA ligases, incluindo a SerRSmt, alterando indiretamente a sua atividade enzimática. Compostos como a oligomicina, um inibidor da ATP sintase mitocondrial, têm um efeito imediato nos reservatórios de ATP, que são cruciais para as reacções de aminoacilação dependentes de ATP que a SerRSmt catalisa.
Outras classes de inibidores indirectos incluem os intercaladores de ADN e os inibidores da topoisomerase, como a mitoxantrona e o etoposido, que afectam a expressão genética mitocondrial. Uma vez que o SerRSmt é crucial para a tradução das proteínas mitocondriais, a perturbação da expressão dos genes mitocondriais pode afetar indiretamente a sua função. Compostos como a actinonina, que inibe a peptídeo deformilase, podem diminuir a taxa de renovação proteica, afectando assim a procura de ARNt aminoacilados e a atividade do SerRSmt. A azatioprina, um inibidor da síntese de purinas, pode afetar ainda mais os reservatórios de ATP, causando efeitos a jusante em qualquer atividade do SerRSmt dependente de ATP. Coletivamente, estes compostos iluminam várias vias indirectas para inibir a atividade enzimática do SerRSmt.
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