SerRSmt-Inhibitoren wirken in erster Linie durch Störung der mitochondrialen Funktionalität oder der Energiehomöostase, wodurch sie die Rolle von SerRSmt bei der Aminoacylierung beeinflussen. Wirkstoffe wie AICAR, ein AMPK, zielen auf die zelluläre Energieregulierung ab. AICAR verändert das AMP/ATP-Verhältnis, was sich auf SerRSmt auswirkt, das ATP bei der tRNA-Aminoacylierung verwendet. mTOR-Inhibitoren wie Torin 1 und Rapamycin wirken, indem sie die globale Rate der Proteinsynthese verringern. Diese Verringerung der Translationsrate kann den zellulären Bedarf an tRNA-Ligasen, einschließlich SerRSmt, verringern und damit indirekt deren enzymatische Aktivität verändern. Verbindungen wie Oligomycin, ein mitochondrialer ATP-Synthase-Inhibitor, wirken sich unmittelbar auf die ATP-Pools aus, die für die ATP-abhängigen Aminoacylierungsreaktionen, die SerRSmt katalysiert, entscheidend sind.
Weitere Klassen indirekter Inhibitoren sind DNA-Interkalatoren und Topoisomerase-Inhibitoren wie Mitoxantron und Etoposid, die die mitochondriale Genexpression beeinflussen. Da SerRSmt für die mitochondriale Proteintranslation von entscheidender Bedeutung ist, könnte eine Störung der Expression mitochondrialer Gene indirekt deren Funktion beeinträchtigen. Verbindungen wie Actinonin, das die Peptid-Deformylase hemmt, können den Proteinumsatz verringern und damit den Bedarf an aminoacylierten tRNAs und die Aktivität von SerRSmt beeinträchtigen. Azathioprin, ein Purinsynthesehemmer, kann darüber hinaus die ATP-Pools beeinträchtigen, was sich nachteilig auf die ATP-abhängige Aktivität von SerRSmt auswirkt. Zusammengenommen beleuchten diese Verbindungen verschiedene indirekte Wege zur Hemmung der enzymatischen Aktivität von SerRSmt.
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