Os inibidores químicos da SerpinA1e podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos, todos eles convergindo para a redução da atividade proteásica da proteína. A benzamidina, um conhecido inibidor da serina protease, liga-se diretamente ao local ativo da SerpinA1e, o que resulta na inibição da sua atividade. Do mesmo modo, o fluoreto de fenilmetilsulfonilo (PMSF) inibe irreversivelmente as serino-proteases, modificando o resíduo de serina no sítio ativo da SerpinA1e, bloqueando assim a sua função enzimática. A aprotinina, outro inibidor, forma complexos estáveis com as serino-proteases, incluindo a SerpinA1e, inibindo eficazmente a sua atividade proteolítica através de impedimentos estéricos, impedindo o acesso das moléculas de substrato ao local ativo.
O Antipain inibe as serino-proteases ligando-se competitivamente aos seus locais activos, um mecanismo que reduz diretamente a função proteolítica da SerpinA1e. A leupeptina e a quimostatina também se ligam reversível e fortemente, respetivamente, ao sítio ativo das serino-proteases, inibindo assim a atividade da SerpinA1e. O AEBSF, outro inibidor irreversível, liga-se covalentemente ao resíduo de serina da SerpinA1e, levando à inativação da sua atividade de protease. O mesilato de gabexato e o mesilato de camostato inibem a proteína ao impedir o acesso do substrato ao seu sítio ativo, inibindo assim a atividade da SerpinA1e. A Nα-Tosil-L-lisina clorometilcetona (TLCK) e a Nα-Tosil-L-fenilalanina clorometilcetona (TPCK) actuam modificando os resíduos de aminoácidos chave no sítio ativo da SerpinA1e, especificamente os resíduos de serina e histidina, culminando na inativação da sua função de protease. Por último, o mesilato de nafamostato liga-se ao local ativo da SerpinA1e, obstruindo a entrada do substrato e impedindo a clivagem proteolítica que é essencial para a atividade da SerpinA1e. Cada um destes produtos químicos visa o local ativo ou resíduos cruciais da SerpinA1e necessários para a sua atividade de protease, conduzindo a uma inibição funcional da proteína.
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