Os inibidores químicos da SCCPDH podem regular a atividade da enzima através de diversos mecanismos bioquímicos. A tricostatina A, por exemplo, actua como um inibidor da histona desacetilase, levando a um aumento da acetilação das histonas e alterando a expressão genética. Esta alteração da expressão genética pode influenciar as vias metabólicas em que a SCCPDH opera, modulando assim a sua atividade. Do mesmo modo, o MG-132, um inibidor do proteassoma, impede a degradação das proteínas ubiquitinadas, o que pode resultar na acumulação de proteínas que regulam negativamente a SCCPDH, inibindo assim a sua função. O alopurinol, ao inibir a xantina oxidase, afecta o metabolismo das purinas e pode alterar os níveis de metabolitos que regulam a atividade da SCCPDH através da inibição por retroação. Além disso, o metotrexato, que afecta a via do folato através da inibição da di-hidrofolato redutase, pode alterar a disponibilidade de substratos ou cofactores necessários para a SCCPDH, levando à sua inibição.
Além disso, inibidores como o 5-Fluorouracil, que tem como alvo a timidilato sintase, podem afetar a SCCPDH ao perturbar o equilíbrio dos pools de nucleótidos, um efeito que decorre da interligação das vias metabólicas. A atividade da SCCPDH também pode ser influenciada pelo Ritonavir, que inibe o citocromo P450 3A4, afectando assim as vias de metabolismo dos medicamentos que se cruzam com as vias metabólicas da SCCPDH. Compostos como o galato de epigalocatequina e o omeprazol podem alterar o panorama enzimático em que a SCCPDH funciona, quer influenciando as enzimas de sinalização celular, quer afectando processos fisiológicos sistémicos como o pH gástrico, respetivamente. O papel da rapamicina como inibidor do mTOR leva a amplos efeitos no crescimento celular e na síntese proteica, reduzindo potencialmente o fluxo metabólico através das vias da SCCPDH. A inibição da transcriptase reversa pela zidovudina pode diminuir a procura dos intermediários metabólicos que a SCCPDH ajuda a produzir. Por último, compostos como a leupeptina e o ortovanadato de sódio podem modular a atividade da SCCPDH através da inibição de proteases e fosfatases, respetivamente, afectando a renovação e o estado pós-tradução das proteínas que regulam a SCCPDH.
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