Os activadores químicos da Rhox9 podem iniciar os seus efeitos através de várias cascatas de sinalização intracelular que conduzem à fosforilação e subsequente ativação da proteína. A forskolina, ao aumentar os níveis intracelulares de cAMP, pode ativar a proteína quinase A (PKA). A PKA, por sua vez, é conhecida por fosforilar proteínas alvo como a Rhox9, aumentando assim a sua atividade. Obtém-se um efeito semelhante com a utilização de 8-Bromo-cAMP, um análogo do AMPc, que contorna os receptores a montante e as adenililciclases para ativar diretamente a PKA, que depois fosforila a Rhox9. O 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA) funciona através de uma via diferente, activando diretamente a proteína quinase C (PKC). A ativação da PKC é outra via através da qual a Rhox9 pode ser fosforilada e activada. Por outro lado, a ionomicina aumenta os níveis de cálcio intracelular, o que pode desencadear a ativação de proteínas quinases dependentes de cálcio/calmodulina (CaMKs); estas quinases podem fosforilar e ativar a Rhox9. Do mesmo modo, o BAY K8644, que agoniza os canais de cálcio do tipo L, conduz a um aumento do cálcio intracelular que pode ativar cinases a jusante capazes de fosforilar a Rhox9.
Além disso, a tapsigargina, que perturba a homeostase do cálcio ao inibir as bombas SARCO/ER Ca2+-ATPase (SERCA), conduz a um aumento dos níveis de cálcio citosólico, o que, tal como a ionomicina, resulta na ativação de cinases responsivas ao cálcio que podem ter como alvo a Rhox9. O ácido ocadaico, ao inibir as proteínas fosfatases, impede a desfosforilação da Rhox9, mantendo-a num estado ativo. A anisomicina ativa as proteínas quinases activadas pelo stress (SAPK), que incluem as c-Jun N-terminal kinases (JNK); sabe-se que estas quinases fosforilam substratos como a Rhox9, levando à sua ativação. O H-89, embora seja um inibidor da PKA, pode levar à ativação compensatória de cinases alternativas que podem resultar na ativação da Rhox9. A calicilina A, tal como o ácido ocadaico, inibe as proteínas fosfatases, levando à fosforilação persistente e consequente ativação da Rhox9. O ativador direto da PKC, 1,2-Dioctanoil-sn-glicerol (DiC8), e o inibidor da PKC Bisindolilmaleimida I (BIM) modulam a atividade da PKC, que é capaz de fosforilar e ativar a Rhox9. O efeito líquido destes produtos químicos é alterar o estado de fosforilação da Rhox9, que determina o seu estado de ativação funcional na célula.
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