As classes químicas denominadas inibidores do RFC3 incluem agentes que podem inibir diretamente a subunidade RFC3 do complexo do Fator de Replicação C ou impedir indiretamente a sua função através da modulação das vias associadas. Uma vez que os inibidores directos que visam especificamente o RFC3 não estão documentados ou caracterizados, o foco está na inibição indireta através da manipulação de processos celulares em que o RFC3 está envolvido, como a replicação e reparação do ADN.
Os inibidores do RFC3 interferem com a síntese e a reparação do ADN. Ao perturbar estes processos, impõem um stress de replicação às células, o que, por sua vez, pode afetar a função normal do RFC3, uma vez que é um componente crítico na montagem da maquinaria de replicação. Os inibidores que induzem danos no ADN aumentam o stress da replicação ao criarem lesões no ADN que exigem que a maquinaria de replicação se envolva em processos de reparação, durante os quais o RFC3 desempenha um papel significativo. Além disso, os inibidores prejudicam a reparação das quebras de cadeia simples do ADN através da inibição da PARP, podendo levar ao colapso das forquilhas de replicação, um cenário em que o complexo RFC é essencial para a recuperação e reparação. Os análogos de nucleósidos, como a gemcitabina e a fludarabina, são incorporados no ADN durante a replicação, conduzindo à terminação da cadeia e aos subsequentes desafios aos processos de replicação que envolvem o RFC3. A inibição das cinases reguladoras do ciclo celular pelo UCN-01 pode alterar o momento e a progressão da replicação, afectando indiretamente a função do RFC3 na coordenação da síntese do ADN. A brefeldina A, embora afecte principalmente o transporte membranar, pode também conduzir a um ambiente celular que afecta indiretamente a replicação do ADN e a função de factores de replicação como o RFC3.
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