Os inibidores químicos da Ptpn23 podem ter como alvo várias cinases e vias de sinalização que estão indiretamente envolvidas no papel funcional da proteína na desfosforilação. A esturosporina, um conhecido inibidor da proteína quinase, pode inibir as cinases responsáveis pela fosforilação dos substratos sobre os quais a Ptpn23 pode atuar, reduzindo assim o conjunto celular de proteínas fosforiladas disponíveis para a Ptpn23 desfosforilar. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I inibe a proteína quinase C, conduzindo a uma diminuição da fosforilação dos substratos e, consequentemente, a um menor envolvimento da Ptpn23 nas vias de transdução de sinal. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da fosfoinositídeo 3-quinase, podem diminuir a produção de fosfatidilinositol (3,4,5)-trisfosfato (PIP3) e a ativação da AKT, resultando numa redução da fosforilação de proteínas mediada pela AKT, que poderia ser alvo de desfosforilação pela Ptpn23. O PP2, um inibidor da quinase da família Src, e o Dasatinib, um inibidor da tirosina quinase de largo espetro, podem diminuir os níveis de fosforilação de resíduos de tirosina em várias proteínas, reduzindo a interação entre estes substratos e a Ptpn23.
Para além destes inibidores da quinase, vários produtos químicos visam componentes específicos da via de sinalização MAPK. O U0126 e o PD98059 são ambos inibidores da MEK, que podem reduzir a ativação da ERK e, consequentemente, limitar a fosforilação dos substratos da ERK, potencialmente os desfosforilados pela Ptpn23. O SB203580, um inibidor da MAP quinase p38, e o SP600125, um inibidor da JNK, funcionam de forma semelhante, inibindo a fosforilação de proteínas envolvidas na resposta ao stress e noutros processos celulares, que podem interagir com a Ptpn23. A triptolida, um inibidor dos factores de transcrição, pode levar à redução dos níveis de proteínas que requerem desfosforilação pela Ptpn23, afectando assim o papel funcional da Ptpn23 ao limitar a disponibilidade do seu substrato. Por último, o gefitinib, um inibidor do EGFR, pode reduzir os eventos de fosforilação a jusante desencadeados pela ativação do EGFR, reduzindo assim o conjunto de proteínas que a Ptpn23 pode desfosforilar na cascata de transdução de sinal. Cada produto químico, ao influenciar cinases ou vias específicas, pode alterar o panorama dos substratos e o papel funcional da Ptpn23 nas redes de sinalização celular.
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