Os inibidores químicos da prefoldina 1 podem ser compreendidos através das suas interacções com os complexos de chaperonas moleculares e as respostas celulares ao stress. A withaferina A, por exemplo, liga-se diretamente à subunidade beta do complexo da pré-foldina, o que pode perturbar o papel da pré-foldina 1 na estabilização e na dobragem das proteínas clientes. O galato de epigalocatequina, outro composto conhecido pela sua vasta gama de actividades biológicas, pode inibir a pré-foldina 1 desestabilizando a sua estrutura ou dificultando as suas capacidades de ligação às proteínas, que são essenciais para a sua função de chaperona. Do mesmo modo, o Celastrol visa as respostas ao stress celular e pode afetar a prefoldina 1 perturbando a rede de chaperonas e co-chaperonas com as quais a prefoldina 1 interage. A silibinina também afecta a rede de chaperonas moleculares e, por extensão, pode inibir a capacidade de dobragem proteica da prefoldina 1.
Além disso, um grupo de produtos químicos conhecidos por terem como alvo a Hsp90, uma proteína de choque térmico que se associa ao complexo da pré-foldina, inibe indiretamente a pré-foldina 1. A geldanamicina e os seus derivados, como a tanespimicina e a 17-AAG, juntamente com o radicol e a novobiocina, podem ligar-se à Hsp90. É provável que esta ligação perturbe a interação entre a Hsp90 e o complexo de pré-foldina, que é crucial para a dobragem de proteínas recém-sintetizadas, prejudicando assim a atividade da pré-foldina 1. Estes inibidores centram-se na estabilização de proteínas assistida por chaperones, da qual a prefoldina 1 faz parte. Além disso, produtos químicos como a Puromicina e a Cicloheximida, que inibem a síntese proteica, podem resultar numa acumulação de proteínas mal dobradas. Esta sobrecarga da maquinaria celular de dobragem de proteínas pode inibir indiretamente a prefoldina 1, saturando a sua capacidade de ajudar na dobragem de proteínas. A inibição da função lisossómica pela cloroquina conduz a um resultado semelhante; a acumulação de proteínas mal dobradas pode sobrecarregar o sistema de dobragem de proteínas, incluindo a prefoldina 1, inibindo assim a sua função. Estes diversos produtos químicos, embora não inibam diretamente a pré-foldina 1, podem afetar a sua atividade, alterando o ambiente celular e a homeostase da dobragem e estabilidade das proteínas.
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