Os inibidores químicos da PLP2 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de várias vias bioquímicas e celulares. A ciclosporina A, por exemplo, liga-se às ciclofilinas, levando à inibição da calcineurina. Uma vez que a calcineurina é essencial para a ativação das células T e que a PLP2 desempenha um papel na modulação da resposta imunitária, esta inibição pode diminuir as vias imunitárias que envolvem a PLP2, conduzindo à sua inibição funcional. Do mesmo modo, a rapamicina interage com o FKBP12 para inibir o mTOR, um regulador-chave do crescimento e da proliferação celular. Dada a associação da PLP2 com as vias de crescimento celular, a inibição do mTOR pode reduzir os processos celulares que a PLP2 influencia. O WZB117, ao inibir o GLUT1, diminui a absorção de glucose pelas células, o que é necessário para os processos de glicosilação que se sabe que a PLP2 regula. Por conseguinte, a redução da entrada de glicose pode diminuir a glicosilação das proteínas, inibindo indiretamente o papel funcional da PLP2.
Além disso, o PD98059 tem como alvo a MEK na via MAPK, um efector a montante da ERK, cujas cascatas de sinalização envolvem a PLP2. Ao inibir a MEK, o PD98059 pode diminuir os processos de sinalização dependentes da função da PLP2. O LY294002, como inibidor da PI3K, pode diminuir as actividades na via PI3K/AKT/mTOR, reduzindo assim as actividades celulares da PLP2. A brefeldina A perturba a estrutura e a função do aparelho de Golgi, inibindo o transporte de proteínas - um processo em que a PLP2 está envolvida, inibindo assim a sua função. A monensina, ao alterar o pH lisossómico, perturba as vias secretoras. Uma vez que a PLP2 está envolvida no tráfico de proteínas, a ação da monensina pode inibir a função da PLP2 nestes processos. A genisteína, o Gö6983 e a Tyrphostin AG 1478 são inibidores da quinase que interferem na fosforilação e nas vias de sinalização de que a PLP2 faz parte, inibindo assim a função da proteína. A triacsina C inibe a acil-CoA sintetase de cadeia longa, reduzindo a biossíntese e a modificação dos lípidos, que são processos que envolvem a PLP2, inibindo assim o seu papel. Por último, a cloroquina afecta o pH das vesículas, influenciando a triagem e a maturação das proteínas, vias em que a PLP2 funciona, inibindo assim o seu papel.
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