A peroxina 11γ inclui uma variedade de compostos que se envolvem com diferentes mecanismos reguladores dentro da célula para iniciar a sua ativação. O bisfenol A, através da sua capacidade de se ligar aos receptores de estrogénio, desencadeia uma cascata de vias de sinalização celular que conduzem a alterações no metabolismo lipídico e na proliferação de peroxissomas, que por sua vez podem ativar a peroxina 11γ. Sabe-se que compostos como o clofibrato, o bezafibrato, o fenofibrato e a ciglitazona activam os receptores activados por proliferadores de peroxissomas (PPAR), que regulam diretamente a expressão de genes envolvidos na proliferação de peroxissomas, promovendo assim a ativação da Peroxina 11γ. Cada uma destas substâncias químicas, apesar de diferirem na estrutura, partilham um mecanismo comum de ligação aos PPARs, levando a alterações transcricionais que aumentam a biogénese dos peroxissomas e a subsequente ativação das proteínas peroxissomais.
Para além dos fibratos e dos agonistas PPAR, outros produtos químicos também desempenham um papel na ativação da peroxina 11γ através do seu envolvimento na sinalização e no metabolismo dos lípidos. Por exemplo, a rosiglitazona e a pioglitazona, ambos agonistas do PPARγ, estimulam as vias de biogénese peroxissomal, contribuindo indiretamente para a ativação da peroxina 11γ. Além disso, o leucotrieno B4 interage com receptores acoplados à proteína G, desencadeando vias de sinalização que podem culminar na ativação de enzimas peroxissomais, incluindo a peroxina 11γ. Além disso, o ácido mevalónico, o ácido oleico, o ácido docosahexaenóico (DHA) e o ácido eicosapentaenóico (EPA) influenciam a proliferação peroxissomal e a ativação das proteínas peroxissomais através do seu papel no equilíbrio e na sinalização dos lípidos celulares. Estes ácidos gordos e metabolitos, ao alterarem o metabolismo lipídico, podem levar a um aumento do número e da função dos peroxissomas, implicando a ativação da Peroxina 11γ como parte desta complexa rede de homeostasia lipídica.
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