Os inibidores químicos da PAPD4 incluem uma variedade de compostos que impedem a sua função enzimática de adicionar caudas poli(A) ao ARN. A cordicepina, ou 3'-desoxiadenosina, imita a estrutura da adenosina e é incorporada na cadeia de ARN durante a poliadenilação. Uma vez incorporada, termina o processo prematuramente, inibindo assim diretamente a atividade da PAPD4. O flavopiridol, um conhecido inibidor das cinases dependentes da ciclina, pode interferir indiretamente com a PAPD4, modulando o ambiente transcricional. Esta alteração pode reduzir a eficiência ou a ocorrência da poliadenilação.
Outras inibições indirectas podem resultar de substâncias químicas que afectam a transcrição e o processamento do ARN. A alfa-manitina inibe especificamente a RNA polimerase II, diminuindo assim o conjunto de novo ARN que pode ser sujeito a poliadenilação pela PAPD4. Do mesmo modo, a actinomicina D e a elipticina intercalam-se no ADN, impedindo a síntese de ARN e inibindo assim indiretamente a PAPD4 através da redução da disponibilidade de substratos. A leptomicina B, ao inibir a exportação nuclear, pode causar uma acumulação de proteínas de ligação ao ARN no núcleo, o que poderia perturbar os processos necessários para a função da PAPD4. A DRB e a triptolida, através da sua inibição do alongamento da transcrição, resultam numa diminuição da síntese de substratos de ARN para a PAPD4, inibindo indiretamente a sua atividade. A roscovitina, outro inibidor da CDK, pode impedir a PAPD4 através da alteração do estado de fosforilação de proteínas envolvidas no processo de poliadenilação. Por último, o BX-795 inibe a PDK1, podendo afetar a fosforilação de alvos a jusante e, consequentemente, as actividades de processamento do ARN que envolvem a PAPD4. Cada uma destas substâncias químicas, através dos seus respectivos mecanismos, contribui para a inibição da PAPD4, realçando a complexa interação entre a transcrição, o processamento do ARN e a poliadenilação.
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