Os inibidores químicos do OBFC2B podem exercer os seus efeitos inibitórios através da interferência nos processos de replicação e reparação do ADN, nos quais o OBFC2B é um ator-chave. A afidicolina actua tendo como alvo a ADN polimerase, uma enzima crítica para a replicação do ADN. Uma vez que a OBFC2B está implicada na estabilização das forquilhas de replicação, a inibição da ADN polimerase pode comprometer o papel funcional da proteína, impedindo o processo de replicação que esta deve salvaguardar. Do mesmo modo, o etoposido e a mitoxantrona, ao estabilizarem o complexo da topoisomerase II do ADN num estado aberrante e ao intercalarem-se no ADN, respetivamente, impedem a ligação das cadeias de ADN e promovem quebras no ADN. Esta acumulação de danos no ADN restringe indiretamente a função da OBFC2B na reparação do ADN, uma vez que a proteína é sobrecarregada pelo aumento da procura de mecanismos de reparação. A camptotecina e o topotecano, ambos inibidores da topoisomerase I, provocam danos no ADN durante a replicação e a transcrição, sobrecarregando ainda mais a maquinaria de reparação do ADN que envolve a OBFC2B.
A actinomicina D, ao ligar-se ao ADN, impede a síntese de ARN, inibindo assim indiretamente a formação do complexo nucleoproteico essencial para o papel do OBFC2B na estabilidade do ADN. A amsacrina, a daunorrubicina e a doxorrubicina funcionam como inibidores da topoisomerase II, que perturbam a síntese e a função do ADN, levando a uma inibição indireta das actividades de reparação e replicação do ADN do OBFC2B. A bleomicina introduz quebras na cadeia de ADN através da geração de radicais livres, aumentando o conjunto de danos no ADN que o OBFC2B tem de processar, prejudicando assim a sua função. A hidroxiureia prejudica a atividade da OBFC2B ao esgotar o conjunto de desoxirribonucleótidos necessários para a síntese do ADN, afectando indiretamente a participação da proteína na replicação do ADN. O teniposido, tal como o etoposido, impede a topoisomerase II, exacerbando os danos no ADN e inibindo assim indiretamente as funções de reparação e estabilização do ADN da OBFC2B, ao provocar uma sobrecarga de lesões no ADN que a OBFC2B não consegue reparar eficazmente.
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