Os inibidores químicos da NUDT6 podem exercer os seus efeitos inibitórios funcionais através da interferência em várias vias de sinalização celular em que a NUDT6 está envolvida. A suramina, um inibidor dos receptores de factores de crescimento, prejudica a função dos receptores de FGF, aos quais a NUDT6 está associada através da regulação do FGF-2 pelo ARN anti-sentido. Esta perturbação pode levar a uma diminuição da sinalização do FGF-2, inibindo assim as funções fisiológicas do NUDT6. Do mesmo modo, o PD173074, um inibidor seletivo do FGFR, visa diretamente o FGFR, levando a uma redução a jusante dos processos mediados pelo FGF-2, que por sua vez inibe a atividade do NUDT6. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da PI3K, podem interromper a via PI3K/AKT, que está a jusante da sinalização do FGF-2. Uma vez que o NUDT6 está potencialmente implicado nesta via, esta inibição pode suprimir a sua função. Além disso, U0126 e PD0325901, como inibidores de MEK1/2, interrompem a via MAPK/ERK, resultando na inibição de NUDT6 devido ao seu envolvimento putativo nesta via. O SP600125 e o SB203580, que têm como alvo a JNK e a p38 MAPK, respetivamente, também podem inibir a via da MAPK e, por conseguinte, a função da NUDT6.
Além disso, a dorsomorfina, ao inibir a sinalização BMP, pode impedir indiretamente a atividade da NUDT6, presumindo-se que a NUDT6 actua no âmbito destas vias. A rapamicina, um inibidor da mTOR, pode suprimir o crescimento celular e os sinais de proliferação que estão a jusante do FGF-2, que o NUDT6 pode regular, levando à sua inibição funcional. O inibidor de ROCK Y-27632 pode alterar a organização do citoesqueleto de actina, um processo que pode ser influenciado pela sinalização do FGF-2. Esta alteração pode restringir as funções celulares em que o NUDT6 está envolvido. O ZM 447439, um inibidor da Aurora quinase, afecta o ciclo celular e a mitose, que são eventos celulares em que a NUDT6 pode desempenhar um papel através da via de sinalização do FGF-2, levando à inibição da NUDT6..
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