Os inibidores químicos da Nth2 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de várias interacções com a própria proteína ou com os seus substratos de ADN. O resveratrol pode inibir a Nth2 ligando-se diretamente ao ADN, alterando a sua estrutura e impedindo o acesso da Nth2 às lesões oxidativas do ADN que é responsável pela sua reparação. Da mesma forma, a curcumina pode competir com a Nth2 na ligação ao ADN, obstruindo assim a sua capacidade de reconhecer e reparar o ADN danificado. Metais como o Cloreto de Zinco e o Cloreto de Cádmio podem interferir com a atividade de reparação do ADN da Nth2 através de interacções de ligação que alteram a estrutura da enzima ou competem com o substrato do ADN, que é crucial para a função da enzima. A hesperidina contribui para a inibição da Nth2 ao reduzir o stress oxidativo, diminuindo assim a ocorrência de lesões no ADN que a Nth2 normalmente repara.
Outros polifenóis derivados de plantas como o ácido elágico, o galato de epigalocatequina (EGCG) e a quercetina podem também inibir a Nth2 interagindo diretamente com o substrato do ADN ou com a própria enzima. A ligação do ácido elágico ao ADN pode bloquear a associação da Nth2 aos seus substratos, dificultando o seu mecanismo de reparação por excisão de bases. A EGCG e a quercetina podem ligar-se à Nth2 ou ao ADN, alterando a capacidade da enzima de interagir com o ADN danificado e de o reparar. A genisteína, com as suas propriedades de imitação do ADN, pode ligar-se à Nth2 ou aos seus substratos de ADN, perturbando a função normal da proteína no processo de reparação do ADN. O ácido cafeico e o ácido clorogénico utilizam uma estratégia diferente, formando aductos com o ADN, o que poderia impedir a Nth2 de aceder e reparar as lesões do ADN. O ácido clorogénico actua também como antioxidante, alterando potencialmente o ambiente oxidativo em que o Nth2 actua. Por último, a auranofina visa o equilíbrio redox celular, ligando-se à tioredoxina redutase, uma enzima que mantém o estado redox de que a Nth2 depende para funcionar corretamente, inibindo assim indiretamente a atividade de reparação do ADN da Nth2.
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