Um conjunto de activadores de pequenas moléculas facilita a ativação bioquímica do NIPSNAP3B através do envolvimento em várias vias de sinalização celular. A estimulação direta da adenilato ciclase, que resulta num aumento dos níveis de AMP cíclico (AMPc), funciona como um mecanismo de ativação fundamental, envolvendo a proteína quinase A (PKA), que é conhecida por modular várias proteínas. A elevação do AMPc intracelular é ainda apoiada pela inibição das fosfodiesterases, assegurando que o AMPc persiste o tempo suficiente para exercer os seus efeitos na célula. Esta sinalização sustentada de AMPc tem o potencial de influenciar o NIPSNAP3B através da modulação dependente de PKA. Além disso, a ativação da proteína quinase C (PKC) através de diferentes pequenas moléculas, que, por sua vez, podem afetar cascatas de sinalização que, em última análise, modulam a atividade do NIPSNAP3B, representa outra via de ativação. A modulação dos níveis de cálcio intracelular através de ionóforos constitui uma via alternativa, potencialmente activando cinases dependentes do cálcio que podem interagir com o NIPSNAP3B.
Para além destes mecanismos, certos compostos podem influenciar indiretamente a ativação do NIPSNAP3B através de vias metabólicas e de regulação genética. A inibição de enzimas como a GSK-3, bem como a ativação da proteína quinase activada por AMP (AMPK), podem levar a alterações no metabolismo celular que podem interagir com as vias relacionadas com o NIPSNAP3B. Os polifenóis e outros antioxidantes, através da sua interação com proteínas de sinalização celular, como as sirtuínas, oferecem ainda outro nível de regulação potencial. Estas interacções moleculares podem modular as vias que afectam a função do NIPSNAP3B. Além disso, a modulação da biossíntese de NAD+ e a desregulação das vias de sinalização pró-inflamatórias proporcionam meios adicionais através dos quais estes activadores podem exercer influência.
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