Sabe-se que compostos como a cloroquina, a bafilomicina A1, o cloreto de amónio e a concanamicina A aumentam o pH lisossomal. O aumento do pH pode levar a condições menos ácidas no lisossoma, o que é prejudicial para a atividade da NAGPA, uma vez que esta necessita de um ambiente ácido para funcionar corretamente. Os inibidores da V-ATPase, como a Bafilomicina A1 e a Concanamicina A, visam especificamente a bomba de protões responsável pela manutenção do interior ácido do lisossoma, inibindo assim indiretamente a NAGPA. Outros produtos químicos, como a Leupeptina, o E64d e o Z-VAD-FMK, alteram a atividade das proteases lisossomais e as vias de apoptose, respetivamente. Estas alterações podem levar a mudanças no catabolismo das proteínas lisossomais, afectando indiretamente o papel da NAGPA neste processo. Os compostos que afectam o processamento das glicoproteínas, como a Suainsonina, a Castanospermina e a Deoxinojirimicina, inibem as enzimas envolvidas na modificação das glicoproteínas. Ao fazê-lo, podem influenciar indiretamente a disponibilidade de substratos para a NAGPA, afectando subsequentemente a sua atividade. Os ionóforos, como a monensina, perturbam a homeostase iónica lisossomal, o que pode ter efeitos secundários nas enzimas lisossomais, incluindo a NAGPA. A metil-β-ciclodextrina, ao depletar o colesterol, pode perturbar as jangadas lipídicas e afetar indiretamente a função lisossomal, conduzindo potencialmente a uma alteração da atividade da NAGPA.
De um modo geral, a classe dos inibidores da NAGPA caracteriza-se pelos seus mecanismos de ação indirectos, visando processos e ambientes celulares que são críticos para o bom funcionamento da NAGPA, em vez de se ligarem diretamente à proteína. Sabe-se que compostos como a cloroquina, a bafilomicina A1, o cloreto de amónio e a concanamicina A aumentam o pH lisossomal. O aumento do pH pode levar a condições menos ácidas no lisossoma, o que é prejudicial para a atividade da NAGPA, uma vez que esta necessita de um ambiente ácido para funcionar corretamente. Os inibidores da V-ATPase, como a Bafilomicina A1 e a Concanamicina A, visam especificamente a bomba de protões responsável pela manutenção do interior ácido do lisossoma, inibindo assim indiretamente a NAGPA. Outros produtos químicos, como a Leupeptina, o E64d e o Z-VAD-FMK, alteram a atividade das proteases lisossomais e as vias de apoptose, respetivamente. Estas alterações podem levar a mudanças no catabolismo das proteínas lisossomais, afectando indiretamente o papel da NAGPA neste processo.
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