Os inibidores do MHC de classe IIβ, tal como acima descritos, incluem um conjunto diversificado de substâncias químicas que funcionam predominantemente influenciando as vias e os processos celulares que envolvem a apresentação de antigénios do MHC de classe II, em vez de visarem diretamente a própria proteína. Estes produtos químicos interferem frequentemente com a intrincada maquinaria celular envolvida no processamento e apresentação de antigénios, conduzindo a uma atividade reduzida ou alterada do MHC de classe II.
Por exemplo, a cloroquina e a leupeptina podem obstruir o processamento de antigénios através da manipulação da acidificação endossómica e da degradação das proteínas, respetivamente. A brefeldina A e a monensina, por outro lado, actuam nos mecanismos de transporte da célula, limitando a presença do MHC de classe II na superfície celular, afectando assim a apresentação do antigénio. Alguns destes produtos químicos, como a Ciclosporina A e a Rapamicina, são conhecidos pelos seus efeitos profundos na ativação e proliferação das células T, influenciando indiretamente as respostas imunitárias mediadas pelo MHC de classe II. Outros inibidores, como o MG-132 e a Epoxomicina, visam especificamente os proteasomas, componentes essenciais da via de processamento de antigénios.
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