Os inibidores químicos da proteína 11B semelhante à metiltransferase (METTL11B) actuam através de vários mecanismos para impedir a sua atividade de metiltransferase. A 5-Azacitidina e a 5-Aza-2′-Deoxicitidina, ambos análogos de nucleósidos, são conhecidos pelos seus efeitos inibitórios nas DNA metiltransferases. Embora o METTL11B não seja uma DNA metiltransferase, a inibição geral das actividades de metiltransferase por estes compostos poderia afetar indiretamente a sua função. Do mesmo modo, a S-(5'-Adenosil)-L-homocisteína, um produto inibidor das metiltransferases, poderia elevar os níveis de inibição das enzimas metiltransferases, incluindo o METTL11B. A 3-Deazaneplanocina, que tem como alvo as metiltransferases dependentes da S-adenosilmetionina, e o RG 108, um inibidor não nucleósido da DNA metiltransferase, podem também alargar os seus efeitos inibitórios ao METTL11B, perturbando a sua função de metilação.
Alargando ainda mais esta linha de inibição, o BIX01294 e a Chaetocina, ambos inibidores das histonas metiltransferases, poderiam influenciar indiretamente a atividade do METTL11B devido às suas acções em processos de metilação relacionados. A 3-Deazaneplanocina, sal HCl, um 3-Deazaneplanocinálogo, e o EPZ004777, um inibidor específico da DOT1L (uma histona metiltransferase), também podem exercer efeitos indirectos na função do METTL11B. A 5′-Deoxi-5′-metiltioadenosina, um subproduto das reacções de metilação, inibe várias metiltransferases e pode ter um impacto potencial no METTL11B. A quercetina, um flavonoide natural, demonstrou efeitos inibitórios em várias metiltransferases, o que sugere um possível efeito indireto no METTL11B. Por último, o ácido anacárdico, conhecido por inibir as histonas acetiltransferases, pode ter efeitos inibitórios mais amplos nas metiltransferases, incluindo o METTL11B. Cada uma destas substâncias químicas, embora não vise diretamente o METTL11B, oferece vias potenciais para a sua inibição, centrando-se na perturbação das actividades gerais da metiltransferase ou das vias bioquímicas relacionadas.
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