Os activadores da metaxina 3 funcionam através de vários mecanismos bioquímicos para reforçar o seu papel nos processos celulares associados às mitocôndrias. Por exemplo, os activadores que elevam os níveis intracelulares de AMPc fazem-no estimulando a adenilil ciclase ou activando receptores acoplados à proteína G, o que, por sua vez, pode aumentar a atividade funcional da Metaxina 3 modulando a dinâmica e a função mitocondrial. Outros compostos atingem um efeito semelhante ao servirem como análogos permeáveis às células do AMPc, reforçando ainda mais a atividade da proteína através da fosforilação de proteínas na via de sinalização mitocondrial. Além disso, certos activadores activam a proteína quinase C, que modula as vias de sinalização que conduzem a modificações pós-traducionais da Metaxina 3, promovendo assim a sua localização mitocondrial e reforçando a sua função no organelo. Além disso, a alteração dos níveis de cálcio intracelular pode ativar proteínas quinases dependentes de cálcio, influenciando potencialmente o papel da Metaxina 3 na importação de proteínas mitocondriais e aumentando assim a sua atividade.
Outro espetro de mecanismos de ativação gira em torno da modulação da função mitocondrial e da biogénese, que é fundamental para a atividade da Metaxina 3. Os compostos que activam a proteína quinase activada por AMP, por exemplo, aumentam indiretamente a regulação da Metaxina 3, promovendo a eficiência e a biogénese mitocondriais. Do mesmo modo, as coenzimas envolvidas nas reacções redox e as poliaminas que induzem a autofagia contribuem para melhorar a função mitocondrial, o que poderia aumentar a necessidade do envolvimento da Metaxina 3 nos processos de importação de proteínas mitocondriais. A ativação da sirtuína por certos compostos polifenólicos leva à desacetilação de proteínas integrantes da função mitocondrial, aumentando indiretamente a atividade da Metaxina 3.
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