Os inibidores da MBD3L4 são uma classe de compostos que influenciam a atividade funcional da MBD3L4, afectando principalmente o estado de metilação do ADN. A ação inibidora destes compostos baseia-se na sua capacidade de inibir diretamente as enzimas de metiltransferase do ADN ou de se incorporar no ADN e prender estas enzimas, conduzindo a níveis reduzidos de metilação do ADN. Esta diminuição da metilação pode impedir a capacidade do MBD3L4 de reconhecer e ligar-se ao ADN metilado, o que é fundamental para o seu papel na célula.
Compostos como a 5-Azacitidina, o RG108 e a Procainamida actuam inibindo a atividade da DNA metiltransferase, o que se espera que reduza as marcas de metilação que a MBD3L4 normalmente reconhece. Isto pode resultar numa diminuição da interação entre a MBD3L4 e os seus alvos de ADN, inibindo eficazmente a atividade normal da proteína. Outros inibidores, como a hidralazina e a decitabina, também contribuem para a desmetilação do ADN, promovendo ainda mais a dissociação da MBD3L4 das regiões metiladas do ADN. Além disso, compostos como o SGI-1027 e o dissulfiram inibem a atividade da enzima que adiciona grupos metilo ao ADN, o que, por sua vez, limita a funcionalidade da MBD3L4. A Nanaomicina A, embora vise especificamente a DNMT3B, juntamente com o EGCG, um composto natural do chá verde, contribuem ambos para um resultado semelhante, diminuindo os substratos metilados disponíveis para a MBD3L4
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