Os inibidores da MBD3L2 são uma coleção de compostos químicos que influenciam o estado de metilação do ADN, que é um determinante crítico da função da MBD3L2. Sabe-se que a MBD3L2 se liga ao ADN metilado e que a presença de grupos metilo no ADN é essencial para a sua atividade. Substâncias químicas como a 5-Azacitidina e a Decitabina actuam como análogos de nucleósidos, que são incorporados no ADN durante a replicação e inibem as metiltransferases do ADN (DNMT). Isto resulta numa diminuição global dos níveis de metilação do ADN, reduzindo as marcas de metilação de que o MBD3L2 necessita para se ligar. Consequentemente, a atividade funcional do MBD3L2 é inibida, uma vez que não consegue reconhecer e ligar eficazmente os seus alvos normais de ADN metilado.
Outros compostos, como o RG108 e o SGI-1027, são inibidores não nucleósidos que visam diretamente as DNMT, impedindo-as de adicionar grupos metilo ao ADN sem serem incorporados na cadeia de ADN. Ao bloquear a ação das DNMT, estes compostos garantem que o ADN permanece não metilado, o que prejudica a capacidade do MBD3L2 de se ligar ao ADN. Do mesmo modo, os compostos naturais como o galato de epigalocatequina, a quercetina, a oleuropeína e a curcumina também contribuem para a inibição da metilação do ADN através de vários mecanismos, como a captura das DNMT, a inibição da atividade enzimática ou a alteração da expressão das DNMT. Estas acções resultam num estado hipometilado do ADN, que por sua vez inibe a interação da MBD3L2 com os seus substratos típicos de ADN metilado. A incapacidade da MBD3L2 para interagir com o ADN metilado resulta numa inibição funcional da sua atividade, uma vez que o seu papel biológico normal depende desta interação. Estes compostos, através dos seus variados mecanismos de ação, asseguram que a ligação dependente da metilação do MBD3L2 ao ADN é reduzida, levando a uma inibição do papel funcional do MBD3L2 em contextos celulares onde normalmente está ativo.
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