Os inibidores químicos do MAGE-B1 funcionam interferindo com a regulação adequada da estrutura da cromatina, que é crucial para a transcrição e subsequente expressão da proteína. Sabe-se que os inibidores da histona desacetilase (HDAC), como a tricostatina A, o vorinostato, a romidepsina, o panobinostato, o belinostato, a chidamida, o entinostato, o ácido valpróico, o butirato de sódio, o AR-42, o pracinostato e a tacedinalina, alteram o estado de acetilação das histonas. Ao aumentar o nível de acetilação, estes inibidores impedem a condensação da cromatina, que é um estado tipicamente associado à supressão da expressão genética. Este estado hiperacetilado induzido pelos inibidores da HDAC provoca uma estrutura de cromatina relaxada que pode impedir a ligação de factores de transcrição específicos ou de outras proteínas necessárias para a transcrição do MAGE-B1. Como estes factores de transcrição são incapazes de se ligar às regiões promotoras do gene MAGE-B1, a iniciação da transcrição é inibida, levando a uma diminuição da produção da proteína MAGE-B1 e a uma consequente redução da sua funcionalidade na célula.
Além disso, a ação dos inibidores da HDAC pode levar a um efeito amplo na expressão genética, mas o seu impacto no MAGE-B1 decorre do requisito específico de uma transcrição fortemente regulada para a função da proteína. A alteração da estrutura da cromatina não só impede a transcrição do MAGE-B1, como também pode afetar as modificações pós-transcricionais e a estabilidade do ARNm, reduzindo ainda mais a síntese da proteína. Como estes compostos mantêm a cromatina num estado que não é propício à expressão de MAGE-B1, inibem efetivamente a presença funcional da proteína. O resultado global é um ambiente celular em que a atividade do MAGE-B1 é diminuída devido à menor disponibilidade da proteína ativa, inibindo assim os processos celulares em que o MAGE-B1 está envolvido.
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