A forskolina, ao estimular a adenilato ciclase, e o IBMX, através da inibição das fosfodiesterases, aumentam os níveis de nucleótidos cíclicos, cAMP e cGMP, que são segundos mensageiros cruciais na sinalização celular. A elevação destas moléculas ativa as proteínas cinases A e G (PKA e PKG), que podem fosforilar e, assim, modificar a atividade de um vasto espetro de proteínas. Os ésteres de forbol, como o PMA, são activadores bem conhecidos da proteína quinase C (PKC), que fosforila as proteínas e altera as suas funções.
Os moduladores de cálcio, como a ionomicina, o A23187 e a tapsigargina, perturbam a homeostase do cálcio, que é uma entidade de sinalização universal, influenciando uma miríade de proteínas de ligação ao cálcio e cinases e fosfatases associadas. O ácido retinóico e a 5-azacitidina exercem os seus efeitos a nível genómico, alterando a expressão genética e, por conseguinte, a síntese e a atividade das proteínas. O dibutiril-AMP funciona como um mímico sintético do AMPc, activando diretamente a PKA, enquanto o butirato de sódio, ao inibir as histonas desacetilases, afecta a estrutura da cromatina e a expressão genética. Verificou-se que a cloroquina tem impacto em processos celulares como a autofagia, que pode ter efeitos a jusante na atividade das proteínas.
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