O LY294002 e a Rapamicina representam abordagens direccionadas para a interrupção de vias de sinalização específicas. O primeiro, ao inibir a PI3K, afecta a via AKT, uma via fundamental para os sinais que regem a sobrevivência e a proliferação celular. A rapamicina, por outro lado, afecta o mTOR, um regulador crítico do crescimento celular, influenciando assim as proteínas subsequentes que estão envolvidas na resposta da célula aos nutrientes e ao estado energético. A paisagem epigenética é moldada por agentes como a Tricostatina A, que, ao inibir as histonas desacetilases, pode levar a alterações na expressão genética que afectam numerosas proteínas e as suas funções. Esta alteração na estrutura da cromatina é um meio poderoso para modular indiretamente a atividade das proteínas.
As vias da MAP quinase, que transmitem sinais essenciais à diferenciação celular e às respostas ao stress, são visadas pelos inibidores PD98059, SP600125, U0126 e SB203580. Estes inibidores atenuam as vias MAPK/ERK e JNK, bem como a via inflamatória p38 MAP quinase, influenciando assim as proteínas reguladas por estas vias. Os inibidores do proteassoma, como o MG132 e o bortezomib, elevam os níveis de proteínas impedindo a sua degradação, um processo que pode levar a alterações significativas da função celular devido à acumulação de proteínas que normalmente são mantidas sob controlo por degradação regulada. O Dasatinib e o Sorafenib, como inibidores das cinases Src e RAF, respetivamente, provocam alterações nas redes de sinalização induzidas por cinases, afectando a proliferação e a sobrevivência das células. Os efeitos destes inibidores estendem-se para além dos seus alvos imediatos, influenciando potencialmente as actividades de várias proteínas dentro destas vias.
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