LY294002 e Rapamicina rappresentano approcci mirati per interrompere specifiche vie di segnalazione. Il primo, inibendo la PI3K, influisce sulla via AKT, una via fondamentale per i segnali che regolano la sopravvivenza e la proliferazione cellulare. La rapamicina, invece, si concentra su mTOR, un regolatore critico della crescita cellulare, influenzando così le proteine a valle coinvolte nella risposta della cellula ai nutrienti e allo stato energetico. Il paesaggio epigenetico è modellato da agenti come la tricostatina A che, inibendo le istone deacetilasi, può portare a cambiamenti nell'espressione genica che influenzano numerose proteine e le loro funzioni. Questa alterazione della struttura della cromatina è un potente mezzo per modulare indirettamente l'attività delle proteine.
Le vie delle MAP chinasi, che trasmettono segnali integrali alla differenziazione cellulare e alle risposte allo stress, sono bersagliate da PD98059, SP600125, U0126 e SB203580. Questi inibitori servono a smorzare le vie MAPK/ERK e JNK, nonché la via infiammatoria della p38 MAP chinasi, influenzando così le proteine regolate da queste vie. Gli inibitori del proteasoma, come MG132 e Bortezomib, aumentano i livelli di proteine impedendone la degradazione, un processo che può portare a cambiamenti significativi nella funzione cellulare a causa dell'accumulo di proteine che normalmente sono tenute sotto controllo dalla degradazione regolata. Dasatinib e Sorafenib, in quanto inibitori rispettivamente delle chinasi Src e RAF, determinano cambiamenti nelle reti di segnalazione guidate dalle chinasi, influenzando la proliferazione e la sopravvivenza delle cellule. Gli effetti di questi inibitori si estendono oltre i loro bersagli immediati, influenzando potenzialmente le attività di varie proteine all'interno di queste vie.
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