O A-769662 e o Rolipram exercem a sua influência através da modulação da AMPK e da PDE4, respetivamente, ambas envolvidas na regulação do AMPc, um segundo mensageiro com amplas implicações na função proteica. O SB 216763 e o inibidor IX da GSK-3 podem afetar a via de sinalização Wnt/β-catenina actuando sobre a GSK-3β, influenciando a atividade das proteínas envolvidas no crescimento e na diferenciação celular. A inibição da ROCK pelo Y-27632 pode ter impacto nas proteínas associadas ao citoesqueleto e à motilidade celular, enquanto o BIX 01294, que tem como alvo as histonas metiltransferases, pode alterar os perfis de expressão genética, afectando indiretamente os níveis proteicos. O PD0325901 e a Puerarina podem modular as vias de sinalização MAPK/ERK e PI3K/Akt, respetivamente, influenciando a função de uma variedade de proteínas reguladas por estas vias.
A ação do ZM-447439 sobre a Aurora quinase afecta as proteínas envolvidas na divisão celular e a inibição da PI3K pelo LY294002 influencia a atividade das proteínas a jusante na sobrevivência e proliferação celular. O MG132, ao inibir o proteassoma, pode levar à acumulação de proteínas que são normalmente alvo de degradação, aumentando potencialmente a atividade dessas proteínas. O SP600125, através da inibição da JNK, pode modular as proteínas implicadas nas respostas ao stress e na apoptose.
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