Os inibidores químicos da KIAA0240 actuam através de vários mecanismos celulares para conseguir a inibição funcional da proteína. A esturosporina, um potente inibidor da cinase, tem como alvo as cinases responsáveis pela fosforilação de numerosas proteínas. No caso do KIAA0240, a estaurosporina pode levar a uma redução da fosforilação, afectando assim a ativação da proteína e a sua capacidade de funcionar na célula. Do mesmo modo, o LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), podem perturbar a via PI3K/AKT, uma via de sinalização chave que pode ser necessária para a atividade do KIAA0240. Ao impedir a PI3K, estes inibidores podem reduzir a atividade da AKT, conduzindo indiretamente a uma inibição funcional do KIAA0240 devido a uma alteração da sinalização celular.
Mais abaixo na cascata de sinalização, o PD98059 e o U0126, inibidores das enzimas MEK1/2, podem impedir a ativação da via ERK. Uma vez que a ERK pode regular uma variedade de proteínas, a sua inibição pode diminuir a fosforilação e a atividade de proteínas que podem interagir ou regular o KIAA0240. O inibidor da mTOR rapamicina e os inibidores do proteassoma bortezomib e MG132 exercem os seus efeitos perturbando a homeostasia celular, o que pode afetar indiretamente o KIAA0240. A rapamicina liga-se à FKBP12 e inibe a mTOR, um controlador central do crescimento celular, levando a uma redução da síntese proteica que pode afetar a função do KIAA0240. O bortezomib e o MG132 provocam a acumulação de proteínas mal dobradas ou danificadas, o que pode exercer pressão sobre as vias reguladoras que envolvem o KIAA0240, resultando na sua inibição funcional. Além disso, inibidores como SB203580, SP600125, ZM-447439 e Alsterpaullone têm como alvo outras cinases e proteínas envolvidas no controlo do ciclo celular e na regulação da transcrição. O SB203580 e o SP600125, que inibem a p38 MAP quinase e a JNK, respetivamente, alteram a atividade dos factores de transcrição e os perfis de citocinas que são cruciais para as funções reguladoras do KIAA0240. O ZM-447439 perturba a divisão celular ao inibir as cinases Aurora, afectando potencialmente o papel do KIAA0240 nos processos mitóticos, enquanto a inibição das cinases dependentes da ciclina pela Alsterpaullone pode modificar a progressão do ciclo celular e, por conseguinte, a atividade do KIAA0240.
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