Os inibidores químicos da INTS5 podem interferir com a sua função em vários processos celulares, visando diferentes mecanismos no interior da célula. O paclitaxel, ao estabilizar os microtúbulos, pode perturbar a progressão do ciclo celular, o que, por sua vez, pode levar a uma inibição da INTS5, uma vez que a sua função depende do ciclo celular. A oligomicina A afecta a INTS5 através da inibição da ATP sintase mitocondrial, reduzindo assim os níveis de ATP necessários para os processos dependentes de energia em que a INTS5 está envolvida. Da mesma forma, a Brefeldina A pode impedir o papel da INTS5 ao perturbar o transporte entre o retículo endoplasmático e o aparelho de Golgi, levando potencialmente a uma localização incorrecta da INTS5 ou dos seus substratos. A camptotecina e o etoposido, ambos direccionados para as topoisomerases, podem inibir indiretamente a INTS5 ao interferirem com a replicação e a transcrição do ADN, reduzindo a disponibilidade de substratos de ARNm necessários para o processamento.
Noutra frente, a cicloheximida, ao inibir a síntese proteica, pode afetar a INTS5 indiretamente devido à menor disponibilidade de proteínas de substrato que a INTS5 normalmente processaria. A leptomicina B actua inibindo a exportação nuclear, o que pode ter um impacto direto na função da INTS5 dentro do núcleo no processamento do ARNm. O papel da mitomicina C na formação de aductos de ADN pode afetar a transcrição, afectando assim a capacidade da INTS5 para processar o ARNm. A actinomicina D impede a transcrição pela RNA polimerase, levando a uma diminuição direta dos substratos de RNA da INTS5. A toxina da tosse convulsa altera as vias de sinalização celular, o que pode afetar a regulação da atividade da INTS5 no processamento do ARNm. A triptolida, ao inibir a RNA polimerase II, reduz a transcrição dos genes, diminuindo posteriormente a participação da INTS5 no processamento do mRNA. Por fim, a inibição da glicosilação ligada à N pela tunicamicina pode afetar a dobragem e o funcionamento de proteínas necessárias para o papel da INTS5 no processamento do ARNm.
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