Os activadores do HoxB9 englobam vários produtos químicos que, embora não se liguem diretamente ao HoxB9 ou não melhorem a sua função, podem influenciar indiretamente a sua atividade, actuando nas vias de sinalização em que o HoxB9 está envolvido. A insulina, um ativador da via PI3K/Akt/mTOR, a metformina e o AICAR, ambos activadores da AMPK, juntamente com os ácidos gordos ómega 3, o ácido eicosapentaenóico (EPA) e o ácido docosahexaenóico (DHA), e os polifenóis resveratrol, curcumina e quercetina, podem estimular a via PI3K/Akt/mTOR. Esta via é conhecida por ser utilizada pelo HoxB9, pelo que a ativação desta via por estes produtos químicos pode levar indiretamente a um aumento da atividade do HoxB9.
Além disso, a forskolina, que ativa a adenilato ciclase, conduzindo a um aumento dos níveis de AMPc, o H-89, um ativador da PKA, e o forbol 12-miristato 13-acetato (PMA), um potente ativador da proteína quinase C (PKC), podem interagir com a via PI3K/Akt/mTOR, conduzindo assim a uma regulação positiva indireta do HoxB9. Além disso, o BAPTA-AM, um quelante de cálcio, pode influenciar indiretamente a atividade do HoxB9 através da sua ação na via CaMK dependente do cálcio. Quando estes produtos químicos interagem com os seus respectivos alvos, os sinais são transmitidos através de uma série de interacções moleculares, acabando por influenciar a via PI3K/Akt/mTOR e, por sua vez, modulando a atividade do HoxB9. Estes produtos químicos podem ser vistos como activadores indirectos do HoxB9 devido à sua capacidade de regular as vias de sinalização de que o HoxB9 faz parte, influenciando assim a sua atividade.
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