Os inibidores químicos da HDA4 visam a capacidade da enzima para remover os grupos acetilo das proteínas histónicas, um processo crítico na regulação da expressão genética. A tricostatina A, o vorinostato e o panobinostato funcionam ligando-se ao local ativado da HDA4, que é necessário para a sua atividade de desacetilase. Esta ligação conduz a um nível elevado de histonas acetiladas, uma vez que a enzima deixa de ser capaz de remover eficazmente estes grupos funcionais. A romidepsina funciona através de um mecanismo semelhante, mas fá-lo como um péptido cíclico que quelata o ião zinco no local ativo da HDA4, que é vital para a atividade da enzima. O Belinostat e o Entinostat também inibem a HDA4 ligando-se ao seu sítio ativo, mas distinguem-se pela sua seletividade, o que permite uma abordagem mais direccionada para a inibição da função da enzima.
A chidamida é caracterizada pela sua estrutura de benzamida, que interage com o domínio catalítico do HDA4, inibindo assim a enzima. Do mesmo modo, o ácido valpróico, um ácido gordo de cadeia curta, interrompe a atividade catalítica da HDA4, levando a uma acumulação de acetilação nas histonasOs inibidores químicos da HDA4 impedem a sua função de desacetilase, que é essencial para a regulação da estrutura da cromatina e da expressão genética. A tricostatina A, por exemplo, inibe a HDA4 impedindo a desacetilação das histonas, o que leva a uma conformação mais aberta da cromatina. O vorinostat e o panobinostat são também inibidores da HDA4, com a capacidade de se ligarem ao local ativo da enzima, obstruindo assim a sua função. Estes inibidores resultam na acumulação de histonas acetiladas, que podem afetar a expressão dos genes regulados pela HDA4. A romidepsina, um péptido cíclico, funciona através de um mecanismo de quelação do ião zinco no local ativo da HDA4, essencial para a sua atividade de desacetilase, o que leva à inibição da função da enzima.
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