Os inibidores químicos da H2-Q10 podem interferir com vários processos celulares essenciais para a sua função na apresentação de antigénios. A brefeldina A perturba o transportam de proteínas ao inibir o fator de ADP-ribosilação necessário para o tráfico vesicular entre o retículo endoplasmático e o aparelho de Golgi. Esta ação pode impedir a maturação e a localização adequadas do H2-Q10. Do mesmo modo, a monensina, enquanto ionóforo, perturba o equilíbrio entre o sódio e o cálcio no interior das células, o que pode também afetar as vias endossómicas e lisossómicas, cruciais para o carregamento do péptido H2-Q10. Tanto a cloroquina como a curcumina actuam elevando o pH nos endossomas e lisossomas, que são ambientes onde o H2-Q10 se liga normalmente aos antigénios. O pH elevado pode dificultar o processamento de antigénios, indispensável para o papel da H2-Q10.
Afectando ainda mais a H2-Q10, a colchicina tem como alvo o citoesqueleto, ligando-se à tubulina e impedindo a sua polimerização. Esta ação pode perturbar as funções do citoesqueleto, incluindo o transporte e a apresentação de antigénios pela H2-Q10. Inibidores como a Bafilomicina A1 e a Concanamicina A têm como alvo específico a H+-ATPase do tipo vacuolar, impedindo a acidificação de organelos como os endossomas e os lisossomas, que é vital para o processamento de antigénios pela H2-Q10. A inibição da síntese proteica é outra estratégia utilizada pelo Emetine, que bloqueia o movimento ribossómico ao longo do ARNm, impedindo potencialmente a produção de H2-Q10 e dos péptidos que este apresenta. A proteólise, necessária para a geração de peptídeos para apresentação pelo H2-Q10, pode ser inibida pela Leupeptina, que tem como alvo cisteína e serina proteases, e por inibidores do proteassoma, como MG-132, Lactacistina e Epoxomicina. Estes inibidores impedem coletivamente a degradação das proteínas em péptidos adequados para o carregamento de H2-Q10, inibindo eficazmente a sua função de apresentação de antigénios.
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