Os inibidores do FNDC8 actuam através de um conjunto diversificado de vias bioquímicas para influenciar a atividade e a estabilidade da proteína. A rapamicina, por exemplo, interrompe a via mTOR, visando especificamente os complexos mTORC1 e mTORC2. Estes complexos fosforilam substratos que são cruciais para a função do FNDC8, pelo que a sua inibição leva a uma redução da atividade do FNDC8. Da mesma forma, o LY294002 actua como um inibidor da PI3K, que por sua vez suprime a ativação da Akt, um elemento do eixo de sinalização PI3K-Akt-mTOR que influencia a estabilidade da proteína FNDC8. O PD98059 é um inibidor da MEK que afecta a via Ras/Raf/MEK/ERK. Ao inibir a MEK1, desactiva uma quinase ascendente da ERK que tem uma interação direta com o FNDC8, alterando assim a sua funcionalidade.
No domínio dos inibidores de quinase, o imatinib tem como alvo as tirosina-quinases como c-ABL, c-KIT e PDGFR, resultando numa reduzida expressão de FNDC8. O SB431542 inibe especificamente o TGF-β, interrompendo assim a via SMAD, que interage com o FNDC8 para regulação funcional. NSC23766 é um inibidor de Rac1 que afecta a família Rho de GTPases que desempenha um papel na dinâmica do citoesqueleto, que por sua vez influencia a associação funcional de FNDC8 com estruturas de membrana. Estes inibidores químicos ilustram a complexidade da regulação do FNDC8, suscetível de sofrer influências de várias vias bioquímicas. Cada inibidor actua sobre um mecanismo bioquímico diferente, abrangendo cumulativamente um vasto leque de aspectos funcionais do FNDC8 sem implicações celulares mais vastas indesejadas.
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