Os inibidores químicos da FBXO16 podem impedir a sua função no sistema ubiquitina-proteassoma (UPS), uma via celular responsável pela degradação de proteínas mal dobradas, danificadas ou reguladoras. Os inibidores do proteassoma, como o MG132, o Bortezomib, a Epoxomicina, a Lactacistina, o MLN2238 (Ixazomib), o Carfilzomib, o Delanzomib, o Marizomib, o Oprozomib, a Withaferina A e o Celastrol, perturbam esta maquinaria de degradação das proteínas. O FBXO16, como parte de um complexo de ubiquitina ligase E3, marca as proteínas com moléculas de ubiquitina, sinalizando-as para degradação pelo proteassoma. Ao inibir o proteassoma, estes químicos podem causar uma acumulação de proteínas que o FBXO16 normalmente marcaria para degradação. Esta acumulação pode saturar o UPS e prejudicar a renovação das proteínas, conduzindo a uma inibição funcional da FBXO16. A acumulação de proteínas ubiquitinadas devido à inibição do proteassoma pode também inibir a atividade da FBXO16, impedindo o seu acesso a substratos ou alterando o seu estado regulador.
Além disso, o PR-619, um inibidor da deubiquitinase de largo espetro, também pode modular a atividade da FBXO16. As deubiquitinases são enzimas que removem as moléculas de ubiquitina das proteínas, salvando-as frequentemente da degradação. Ao inibir as deubiquitinases, o PR-619 pode levar a uma acumulação anormal de proteínas ubiquitinadas. Esta ubiquitinação aberrante pode, por sua vez, obstruir a função normal da FBXO16, quer alterando diretamente os seus substratos, quer perturbando o equilíbrio bem ajustado entre a ubiquitinação e a desubiquitinação de que a FBXO16 depende para desempenhar o seu papel na renovação das proteínas. Consequentemente, a inibição das deubiquitinases pode inibir indiretamente a função da FBXO16, impedindo-a de marcar eficazmente as proteínas para degradação, inibindo assim funcionalmente o papel da proteína na UPS.
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