Os inibidores de Fam48b1 são constituídos por uma variedade de compostos que têm impacto na função do fator de transcrição, visando diferentes componentes da maquinaria de transcrição e processos celulares relacionados. Estes produtos químicos não inibem diretamente o Fam48b1, mas podem afetar indiretamente a sua atividade através de vários mecanismos. Por exemplo, a triptolida e a alfa-amanitina exercem os seus efeitos através da inibição da RNA polimerase II, suprimindo assim a síntese global de ARNm, que inclui os resultados da transcrição relacionados com o Fam48b1. A actinomicina D e o DRB também têm como alvo a maquinaria transcricional, com a actinomicina D a ligar-se ao ADN e o DRB a impedir o alongamento da transcrição, podendo ambos alterar a paisagem transcricional com a qual o Fam48b1 se envolve.
Além disso, o papel da epigenética na função do fator de transcrição é visado por compostos como a tricostatina A e o SAHA, que modificam a acetilação das histonas, podendo afetar o estado da cromatina e a acessibilidade do Fam48b1. Os inibidores de pequenas moléculas, como o ICG-001 e o JQ1, interferem nas vias de sinalização e nas interacções proteína-proteína que são cruciais para a regulação da atividade dos factores de transcrição. O ICG-001 perturba a via Wnt/β-catenina, enquanto o JQ1 afecta a ligação das proteínas de bromodomínio BET à cromatina, podendo ambas modular os programas de transcrição que envolvem o Fam48b1. O MG132, um inibidor do proteassoma, pode levar à acumulação de proteínas reguladoras que influenciam a atividade dos factores de transcrição, e a curcumina modula várias vias de sinalização, incluindo as que afectam a atividade dos factores de transcrição. O C646 e o SGC-CBP30 são mais direccionados na sua abordagem, com o C646 a inibir a enzima p300 histona acetiltransferase e o SGC-CBP30 a inibir as proteínas BET bromodomínio, ambos alterando a paisagem epigenética e, consequentemente, a função de factores de transcrição como o Fam48b1. Cada uma destas substâncias químicas interfere com as vias celulares e moleculares necessárias para que o Fam48b1 exerça os seus efeitos na expressão genética.
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