Os inibidores da FAM39E funcionam através da modulação de várias vias e processos celulares que afectam indiretamente o papel da proteína na organização do citoesqueleto e no tráfico de vesículas. Alguns inibidores têm como alvo as cinases que influenciam a estabilidade e a localização de componentes críticos para a manutenção do citoesqueleto, o que, por sua vez, pode ter impacto na atividade da FAM39E no complexo WASH, um interveniente-chave na ordenação endossomal de proteínas. Ao estabilizarem proteínas específicas no citoesqueleto ou ao alterarem a dinâmica da actina, esses inibidores podem perturbar o equilíbrio da polimerização e despolimerização da actina que a FAM39E regula. Outros impedem a ramificação do filamento de actina ou ligam-se a monómeros de actina, afectando assim a montagem de actina mediada por FAM39E nas membranas endossomais. Através destas acções, os inibidores podem potencialmente alterar a estrutura do citoesqueleto e impedir os processos endocíticos que são cruciais para a homeostase celular.
Além disso, certos inibidores exercem os seus efeitos visando as GTPases e as suas proteínas associadas, que são essenciais para a nucleação e o alongamento da actina, processos intimamente ligados à função do FAM39E no complexo WASH. Ao interferir com estas moléculas, a remodelação dinâmica do citoesqueleto de actina é prejudicada, o que pode levar a um tráfico endossómico aberrante e à separação de proteínas - ambas funções associadas à FAM39E. Além disso, as moléculas que inibem as proteínas de fusão das vesículas, como as SNARE, também podem afetar o papel do FAM39E, uma vez que se acredita que o complexo WASH regula a cisão e a fusão das vesículas durante o tráfico. Os inibidores que alteram a composição lipídica da membrana também podem perturbar a curvatura e a tensão da membrana, influenciando a capacidade da FAM39E de mediar a formação e a função adequadas das estruturas vesiculares.
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